Trama: Lupin III VS Detective Conan
Durante una battuta di caccia nella propria tenuta personale, la regina Sakura, sovrana del regno europeo di Vispania, viene improvvisamente uccisa; tutti gli indizi lasciano supporre che l'autore dell'omicidio, generato da un colpo accidentale, sia il figlio, il principe Gill, il quale subito dopo il fatto, colto dalla disperazione, si sia suicidato.
Di conseguenza il titolo di erede al trono di Vispania passa dal principe Gill a sua sorella maggiore, la principessa Mira, una ragazza testarda e un po' egoista che somiglia incredibilmente a Ran Mouri; la cerimonia di incoronazione però è minacciata da un crescente movimento di opposizione popolare che giudica la principessa Mira inadatta a governare, pertanto, tenendo conto anche del rischio per la sicurezza, il capo della scorta, Mr. Keith, assume Jigen Daisuke, già addestratore dell'esercito regolare, come guardia personale della principessa.
Contemporaneamente anche Lupin arriva a Vispania; il piano suo e di Jigen è di mettere le mani sulla corona destinata alle regine del regno, un oggetto tanto bello quanto carico di ricordi per il re dei ladri, ma appare chiaro fin da subito che Lupin persegue anche un altro scopo.
Inoltre, per accrescere la popolarità di quest'ultima, viene organizzato un viaggio di stato in Giappone, e alla festa che si tiene al grande hotel di West Tama City prendono parte anche Kogoro Mouri e Conan Edogawa; durante il party Conan smaschera un tentativo di avvelenamento ai danni della principessa, e nella confusione che ne segue quest'ultima, che non desidera altro che di evadere dalla sua condizione, riesce a svignarsela, ma viene notata da Conan, che si mette sulle sue tracce.
Nella sua fuga Mira incontra Ran, di ritorno dai corsi serali, e constatando la loro somiglianza la principessa decide di scambiarsi di posto con lei, in modo da poter provare per una volta l'ebbrezza della libertà, anche se il suo pensiero iniziale è quello di far perdere del tutto le proprie tracce ai danni di Ran (ispirandosi alla storia de Il principe e il povero).
Ran, vestita come la principessa, ritorna all'hotel e spiega l'accaduto, e Mr. Keith, per evitare fughe di notizie e un conseguente incidente diplomatico con il Giappone, la "costringe" a continuare ad impersonare il ruolo di Mira.
La principessa nel frattempo è stata raccolta da Fujiko, che dicendole di conoscere la sua identità si offre di portarla in giro per il Giappone e di farle da Guardia del Corpo; Conan le rintraccia e le insegue a bordo del suo skateboard, ma Fujiko riesce a far perdere le proprie tracce e a dileguarsi.
Intanto viene alla luce il secondo obiettivo che ha portato Lupin a Vispania: il sottosuolo del regno è ricchissimo di un minerale di recente scoperta che, se trattato, può trasformarsi in un composto esplosivo dal potenziale inimmaginabile, una vera manna dal cielo per la costruzione di nuove e micidiali armi di distruzione.
Con l'inganno Mr. Keith riesce ad evadere la promessa di lasciar andare Ran dopo la conferenza stampa in aeroporto subito prima della partenza e a portarla a Vispania, e per permettere a Kogoro di seguire la figlia l'ispettore Megure lo assegna come assistente personale ad un suo amico dell'ICPO, l'ispettore Zenigata, che si sta recando a sua volta a Vispania per inseguire Lupin. Conan, che si era accorto di ciò che Mr. Keith stava facendo, riesce a salire sull'aereo aggrappandosi al carrello, e viene salvato dall'ipotermia dagli uomini dello stesso Mr. Keith, il quale afferma di stare facendo tutto ciò unicamente per la principessa.
Anche la principessa Mira nel frattempo è stata riportata a Vispania da Fujiko, e nel tempo che trascorre assieme a lei e a lupin appare chiaro come il suo carattere cinico ed egoistico sia dovuto all'angoscia derivatale dal suo status di principessa e dal dolore dovuto alla morte della madre e del fratello: si scoprirà in seguito che Fujiko è stata assoldata dallo stesso Mr. Keith proprio allo scopo di allontanare per un po' la principessa dalla vita di corte per farle provare, almeno per un po', le esperienze tipiche dei ragazzi della sua età.
Dopo essersi riunito con Ran e Kogoro, Conan inizia ad indagare sull'omicidio della regina, grazie anche all'aiuto, del tutto forzoso e involontario, di Gigen, e intanto Lupin, coadiuvato da Goemon, riesce ad entrare nel caveau del palazzo, ma la corona è già stata rubata da Fujiko, la quale però è costretta a desistere e a lasciarla perdere per poter fuggire dall'edificio, completamente circondato dalla polizia dopo lo scoppio dell'allarme.
Mira, dopo aver fatto visita al luogo dove sono morti i suoi cari ed aver deciso di farsi carico dei suoi doveri di futura regina, accetta di ritornare al palazzo e di riprendere il suo posto, giusto in tempo perché Conan possa rivelare a tutti, compresa lei, la verità su quel presunto incidente.
Il detective, nel tentativo di servirsi per l'ennesima volta degli aghi soporiferi, non riesce a colpire Kogoro (che in realtà è Lupin travestito), e colpisce Zenigata, che però si risveglia dopo pochi secondi (Conan lo definirà un mostro). Lupin però, dopo aver rivelato segretamente la sua identità a Conan, lo aiuta nella risoluzione del caso spacciandosi per il vero Kogoro, e insieme i due mettono a nudo la verità: l'assassino della principessa è suo fratello, il primo ministro di Vispania, che subito dopo aveva ucciso anche il principe spacciandolo per un omicidio-suicidio, in modo da rendersi più facile l'ascesa al trono e potersi arricchire con la vendita del minerale che invece la regina aveva proibito per la sua indole pacifista.
Con l'inganno svelato e il colpevole smascherato la principessa Mira diventa la nuova regina di Vispania, Ran e Kogoro vengono accolti come salvatori del regno e Zenigata si rode il fegato per l'ennesima fuga di Lupin.
La scena finale mostra Conan prelevato da una macchina dell'ambasciata giapponese, apparentemente perché privo di passaporto per viaggiare (dal momento che Conan Edogawa non esiste per l'anagrafe), i cui occupanti in realtà sono Lupin e la sua banda: Lupin, che era tornato a Vispania per onorare una promessa fatta alla regina Sakura e svelare la verità sulla sua morte, dimostra di conoscere la vera identità del piccolo detective, chiamandolo Shinichi Kudo, e Conan promette a tutti loro che se un giorno o l'altro dovessero rubare ancora lui tornerà per arrestarli.
Conan viene riportato successivamente a casa con un sommergibile messo a disposizione da un amico di Fujiko, la quale lo scongiura di rivelarle il segreto del ringiovanimento, e Lupin lo inserisce nella lista dei suoi avversari, classificandolo come "Molto pericoloso".
